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1 抗原受体基因的表达
TCR和BCR的表达需发生V-（D）-J基因片段的重排，重排有赖重组酶与基因座位两侧的DNA重组信号序列（RSS）相接合。因而染色质的可接近性及相应的核小体重塑等表观遗传学变化显得十分重要。而且核小体的装配和DNA甲基化如果危及编码重组酶的重组激活基因（Rag），也将影响基因重排，干扰抗原受体基因的表达。
2 淋巴细胞的发育和分化
γδT细胞和αβT细胞的顺序分化、双阴性αβT细胞向CD4或CD8T细胞的分化，以及CD4阳性效应T亚群的分化皆涉及选择何种基因何时顺序转录的问题。通常，被选择出来先行表达的基因（如TCRβ早于TCRα）总是首先出现表观遗传学的改变，包括DNA去甲基化、组蛋白的乙酰化和DNase I超敏性的诱导。
3 等位相斥和单一等位基因（monoallelic）的选择
等位基因重排可抑制同一座位另一个等位基因的重排，保证了淋巴细胞伯单一特异性，称为等幌喑狻＞捅砉垡糯Щ贫裕骋换蛞坏┤ゼ谆纯捎盏贾嘏哦蛊涑晌赴泶锏牡ヒ坏任换颉Ｒ讶范ǔ墒霣细胞启用这一机制使Igκ早于Igλ进行转录表达。现时，等位相斥及表观遗传学调控研究，已进一步扩展到呈现多态性的细胞因子编码基因，包括IL-2和IL-4。
4 NK细胞受体表达的多样性
同一克隆淋巴细胞表面抗原受体的特异性相同，但单一的NK细胞表面却可表达针对不同配体（MHC I类的分子）的多种受体组合。有研究发现，这种差异和NK细胞多个KR基因去甲基化有关。
5 T细胞激活
细胞因子IL-2是T细胞激活的关键因素。初始T细胞中，IL-2基因因启动子区DNA甲基化而处于静息状态。当T细胞得到激活信号后20min，DNA开始去甲基化，并发生染色质重塑，IL-2基因激活，细胞进入分裂周期。
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