1、 纤维组织：

心脏/骨骼肌等纤维组织提取RNA的关键在于彻底破碎组织。这些组织细胞密度低，单位重量的组织RNA的含量就少，建议用尽可能多的起始量。使用TRNzol法可以提取纤维组织终RNA，由于纤维组织终RNA含量较少，可按照增加的起始量成比例增加TRNzol的用量，并在液氮中将组织彻底磨碎，同时适当减少溶解RNA的溶液体积。

2、 蛋白/脂肪含量高的组织：

动物的脑和某些特殊的植物组织中，脂肪或者蛋白的含量很高，可以采用TRNzol来提取此类样品中的RNA。在该提取过程中，用氯仿抽提后，如上清仍含白色絮状物，必须用氯仿再次对上清进行抽提。使用TRNzol提取脂肪含量高的组织中RNA时，使用氯仿抽提后会分成油滴、水相（含RNA）、DNA中间层、有机相四层，应用移液管小心吸取水相液体，避免吸到油滴层和DNA层。

3、 核酸/RNase含量高的组织

脾、胸腺、胰脏等组织的核酸和核酸酶含量很高，可以在液氮中碾磨组织，再快速匀浆。如果裂解液太粘稠（因为核酸含量高的缘故），酚/氯仿抽提不能有效分层，可以加入更多裂解液以解决此类问题。如果加入乙醇后马上有白色沉淀形成则表明有DNA污染，可以在核酸溶解后用酸性酚/氯仿再次抽提，去除DNA污染。

4、 植物组织和真菌组织：植物组织和真菌组织比动物组织更为复杂，因此为了避免出现内源酶作用使 RNA降解的现象，一般选择在液氮条件下对植物或者真菌材料进行碾磨。如果降解问题不能解决，基本上是由于样品中的内含杂质导致。许多植物和真菌中的内含杂质如多糖、多酚等都会残留，因为这些杂质分子与RNA有一些相似性，可以与RNA同时沉淀或者吸附，因此在植物和真菌组织的RNA提取过程中，需要用一些特别的步骤或者特别的试剂（RNAplant）来去除多糖多酚等杂质的干扰和污染。