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生物化学分子生物学软件下载区-核酸低级结构分析
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发布时间：2007-02-20
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- AnnHyb
- 软件名称： AnnHyb
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.22
- 软件大小： 207k
- 版本时间： 1999.8.11
- 软件功能： AnnHyb2.22是设计PCR引物和DNA探针的辅助软件。主要功能有： 1.对寡核苷酸序列，计算溶解温度(nearest-neighbour algorithm，可以设定盐浓度和引物浓度), 序列长度、GC百分比,分子量, 摩尔消光系数,IUB/IUPAC序列、反向序列、互补序列。 2.对50个bp以上的序列, 计算长度,GC百分比、不同盐浓度下的溶解温度 3.对长序列可以进行反向互补序列。 4.可以读出序列
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- Bioedit
- 软件名称：Bioedit
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：Tom Hall
- 操作系统：WIN
- 软件版本：4.8.5
- 软件大小：8283k
- 版本时间：00-1-13
- 软件功能：一个具有序列简单分析和序列对比功能的软件。该软件有一个简单亲切的界面，集成其他已经很有效果的序列比对软件。另外该软件还有很多有用的相关站点连接。
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- Clone Manager
- 软件名称： Clone Manager
- 版主评级：
- 作 者：
- 操作系统： DOS
- 软件版本：
- 软件大小： 228k
- 版本时间：
- 软件功能： 质粒作图
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- DNA Club
- 软件名称： DNA Club
- 版主评级： ★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本：
- 软件大小： 990k
- 版本时间：
- 软件功能： DNA Club是一个简单的对DNA进行与PCR有关的操作的软件。它的功能有： 1、输入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻译成蛋白序列； 4、查找酶切位点； 5、查找pcr引物序列。 以上各种功能实际上是pcgene里面的一小部分功能。而且可扩展性不大，如限制性酶不能增加等。
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- DNAMAN
- 软件名称： DNAman
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：Nynnon Biosoft
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 4.0
- 软件大小： 1669k
- 版本时间：1998.4.15
- 软件功能：限制酶分析，引物设计，对排（aligment）,翻译，数据库操作，Blast，序列装配（Sequence assembly）.易学易用，操作方便
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- DNAmend
- 软件名称： DNAmend
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.01
- 软件大小： 211k
- 版本时间：
- 软件功能： DNAmend一个简单的对DNA进行操作的软件。它的功能有：查找序列、查找酶切位点并可以将切好的载体与基因连接 、质粒作图
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- DNA sequence manipulation and analysis
- 软件名称： DNA sequence manipulation and analysis
- 版主评级： ★
- 作 者：
- 操作系统： DOS
- 软件版本：
- 软件大小： 413k
- 版本时间：
- 软件功能： DNA序列分析
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- DNASIS
- 软件名称： DNASIS
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：Hitachi
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.5
- 软件大小： 5,319k
- 版本时间： 97.3
- 软件功能： 综合性低级结构分析软件，包括DNA、RNA、蛋白质，与DOS下的PCGENE、windows下的Omiga属同一类的软件。
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- DNAssist
- 软件名称： DNAssist
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.0
- 软件大小： 4509k
- 版本时间： 1999.10.21
- 软件功能： 免费且带完全功能(没有打印功能)的一个功能较强的核酸处理软件并带有部分蛋白分析功能,功能介绍. 我找出的一个bug是:analyze->restriction mapping->select enzyme->restriction enzymes后点击选择一个酶,点击"add",点击"cancal".这时会发现酶的列表中只有选择的那一个,其他的就不见了.另外我在安装后开始使用analyze菜单中大部分功能时出现"GDI error"错误,但过了几天就好了.
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- DNATools
- 软件名称： DNATools
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 5.1 三个月全功能demo版
- 软件大小： 6,998k
- 版本时间： 1999.11.15
- 软件功能： 与Omiga, DNAsis,PC/Gene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多.最有特色的是居然有一个utility菜单,作者自己对软件的介绍.该软件简单易用,与其他软件相比,虽然二级结构预测缺少,但对一级序列的分析功能非常多.强烈推荐.
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- DNATools
- Gene Construct Kit
- 软件名称： Gene Construct Kit
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：Textco Inc.
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.0 beta 3 beta 4
- 软件大小： 3945k
- 版本时间： 99.11.15
- 软件功能： 这是我找了很久想要的一类软件。与大多数分析的软件不同，它管理并显示克隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图（有序列没序列均可）。附有详细的使用帮助。建议所有分子生物实验人员和克隆策略人员备用。
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- Gene Construct Kit
- 软件名称： Gene Construct Kit
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：Textco Inc.
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.0 beta 5(final)
- 软件大小： 4,810,863 bytes
- 版本时间： 2000.1.11
- 软件功能： 这是我找了很久想要的一类软件。与大多数分析的软件不同，它管理并显示克隆策略中的分子构建过程，包括分子构建，电泳条带。另外，还可以质粒作图（有序列没序列均可）。附有详细的使用帮助。建议所有分子生物实验人员和克隆策略人员备用。
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- GeneDoc
- 软件名称： GeneDoc
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 3.2
- 软件大小： 867k
- 版本时间：
- 软件功能： 多序列编辑分析软件,用于分析生物分子中结构和功能之间的关系。
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- Genepro
- 软件名称： Genepro
- 版主评级： ★
- 作 者：
- 操作系统： DOS
- 软件版本：
- 软件大小： 169k
- 版本时间：
- 软件功能： 核酸蛋白位点分析软件
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- Gene Tool (DoubleTwist)
- 软件名称： Gene Tool(DoubleTwist)
- 作 者： Genebio (DoubleTwist)
- 操作系统：win95,win98,win NT,PowerMac,Solaris 2.6,IRIX 6.2+
- 软件版本： 1.0
- 软件大小： 16,157k
- 版本时间：
- 软件功能： 核酸分析软件
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- Lasergene Suite
- 软件名称：Lasergene Suite
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：DNASTAR
- 操作系统：WIN MAC
- 软件版本：4.03
- 软件大小：40915k
- 版本时间：99-11-11
- 软件功能：该软件包括五个程序：EditSeq编辑序列并进行单序列分析；MapDraw对序列作图；MagAlign对序列作比对分析；PrimerSelect引物设计；SeqMan将小片段序列拼装成contig。
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- 下载地址：
- 补充文件：
- 原始网址： http://www.dnastar.com
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- MACAW
- 软件名称： MACAW
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：
- 操作系统：
- 软件版本： 2.05
- 软件大小： 209k
- 版本时间：
- 软件功能： 多序列构建与分析软件。从大量的蛋白序列与DNA序列数据中显示类似的分子结构与生物特性。运用统计学方法，利用一定的运算规则，使用计算机来查找这些片段。
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- Network Entrez
- 软件名称： Network Entrez
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本：
- 软件大小： 2.3M
- 版本时间：
- 软件功能： Entrez是NCBI用来在网络上查找生物资料的在线系统,只要能上网,就可以在网上搜索找到相应的资料: 1.GenBank, EMBL, DDBJ 三大数据库中的DNA序列 2.Swiss-Prot, PIR, PRF, PDB数据库中的蛋白序列以及从核酸翻译的蛋白序列 3.基因组以及染色体作图数据 4.由pdb衍生的三维蛋白结构,NCBI的Molecular Modeling Database (MMDB) 5.文献引用数据库中的引用数据 而Network Entrez(Entrezz)是一个客户端程序,在连接上网的情况下,直接使用本程序可以完成与Entrez一样的功能. Entrez的帮助文件 数据库的帮助文件 另外本软件下载后，会发现有向三大序列库报告序列软件sequinz的说明文件（手册）
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- NEXUS Data Editor for Windows
- 软件名称： NEXUS Data Editor for Windows
- 版主评级： ★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 0.4.2
- 软件大小： 1.1M
- 版本时间：
- 软件功能： 在多序列排列/关系的文件格式中,nex和.phl是最常用的格式。本软件顾名思义就是生成和编辑nexus格式文件的。它以电子表格的形式来编辑文件，更易于使用。但它的限制较多。如不支持分子序列，没有树型关系分析和显示功能等
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- Oligo
- 软件名称： Oligo
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：Primer Analysis Software
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 6.31
- 软件大小： 2,459k
- 版本时间： 2000.7.24
- 软件功能： 应用于PCR、测序、点突变等杂交领域的核酸引物设计软件，同时计算杂交温度和二级结构。
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- Omiga
- 软件名称： Omiga
- 作 者：Oxford Molecular Group
- 版主评级： ★★★★★
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.0
- 软件大小： 16,695k
- 版本时间： 99.8
- 软件功能： 与PCGENE类似的综合性软件。看来pcgene可以退休了。由ldream提供相应程序。
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- PCGENE
- 软件名称： PCGENE
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： DOS
- 软件版本： 6.70
- 软件大小： 5.2M
- 版本时间： 1993.7.1
- 软件功能： 功能及其相关注意事项
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- pDRAW32
- 软件名称： pDRAW32
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.0.33
- 软件大小： 2.6M+430k
- 版本时间： 99.6.1
- 软件功能： pDRAW32是对核酸特别是质粒进行分析和作图的软件，其主要功能有： 1.对核酸加上注释，如基因，起点。 2.虚拟克隆酶切片段。 3.序列修改编辑，可以将序列旋转一定的碱基距离，或将方向相反 4.分析限制酶酶切位点，各种酶切 位点显示参数教多，可以较自由地选择。 5.ORF分析显示 7.计算一对引物做PCR的Tm值 8.可以文本或图形方式显示结果 9.可以导入的序列有.txt .seq以及本身的.pdw，不能导出为其他格式 本软件的特色是在帮助文件中有许多操作具体的步骤和参数称之为help on science，而软件本身的说明文件竟然没有怎么写。不过其网页中倒有简单说明，图文并茂。
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- plasmid map enhancer
- 软件名称： plasmid map enhancer
- 版主评级： ★
- 作 者：
- 操作系统： DOS
- 软件版本：
- 软件大小： 217k
- 版本时间：
- 软件功能： 质粒作图
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- plasmid processor
- 软件名称： plasmid processor
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.02
- 软件大小： 237k
- 版本时间：
- 软件功能： 本软件是根据位置画出一个质粒图，但不能输入序列，由序列自动作图
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- primer premier
- 软件名称： primer premier
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 4.04 demo
- 软件大小： 2.1M
- 版本时间：
- 软件功能： 此软件在设计引物中功能很强，只可惜只能对他的例子观察，不能新建或调用序列。但其中包含一个primer premier mini,可以做一个primer库，并且给你的primer做分析，告诉你引物中的发夹结构，二聚体，Tm值、能势等参数。建议使用pc/gene等软件设计引物，用此primer premier mini做一分析。
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- primer premier
- 软件名称： primer premier
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 5.0
- 软件大小： 2842807bytes
- 版本时间：
- 软件功能： 设计引物, 限制酶分析,核酸蛋白对应翻译,特定序列(motif)查找 Align序列排列
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- Primers! for WWW
- 软件名称： Primers! for WWW
- 版主评级：
- 作 者：
- 操作系统：
- 软件版本：
- 软件大小：
- 版本时间：
- 软件功能： 在线PCR引物设计，只要有图形界面的浏览器就可以使用
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- RNAdraw
- 软件名称： RNAdraw
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.1b2
- 软件大小： 283k
- 版本时间：
- 软件功能： 具体功能描述 上海生命院
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- RNAstructure
- 软件名称： RNAstructure
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 3.2
- 软件大小： 2.06
- 版本时间： 99
- 软件功能： 根据RNA的一级序列,进行二级结构分析并作图
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- RNAstructure
- 软件名称： RNAstructure
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 3.5
- 软件大小： 2,030k
- 版本时间： 99.10.20
- 软件功能： 比3.2增加oligo walk的功能
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- Redasoft plasmid
- 软件名称： Redasoft plasmid
- 版主评级： ★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.0 demo
- 软件大小： 1.5M
- 版本时间：
- 软件功能： 本软件可以根据位置画出一个质粒图，也可以根据序列作图，最特有的功能是可以读取GeneBank,EMBL/Vector DB,FASTA/Pearson,以及随机ASCII格式文件根据这些作图。但本软件是demo版，不能存盘打印拷贝到剪贴板，如要使用，必须结合屏幕拷贝程序。鉴于其特有的读取基因库的功能还是有用处的。建议同时下载样本文件看看结果。
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- Redasoft Visual Cloning 2000
- Sequence Finding Procedure (Software)
- 软件名称： Sequence Finding Procedure (Software)
- 版主评级：
- 作 者： alpha
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.0
- 软件大小： 221k
- 版本时间： 2000.7
- 软件功能：根据两末端序列从机器测序结果中查找目的插入序列，提供碱基统计功能。对于PGEM-T载体可实现自动查找。与前面4月版本比，增加抱恨帮助文件，查找的末端序列配置功能，修正了一个bug。
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- 原始网址：
- 其他相关： 感谢作者alpha提供软件。
- Seqverter
- 软件名称： Seqverter
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.3
- 软件大小： 1.1M
- 版本时间： 99.6.7
- 软件功能： 本软件是一个文件格式转换工具，其功能有： 1.同时打开多个文件 2.查看文件中的序列 3.只对文件中序列子集进行格式转换 4.合并多个文件中的序列为一个文件 5.可以将多序列文件中的单个序列保存。 该软件支持的格式有： 单序列格式文件：ABI(只能导入，不能导出这种格式)、DNAStar/DNA/Lasergene（包括EMBL,GenBank)、IBI/PUSTELL、SCF (只读不写) 多序列格式文件：Clustal、DNAStrider、EMBL(只读不写)、FASTA、GenBank、NEXUS、MACAW(只读不写)、MSF、PHYLIP Interleaved、SWISS-PROT(只读不写) 该软件还有一个在线升级按纽，可以在线升级以认识新格式的文件。
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- sequin
- 软件名称： sequin
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：NCBI
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 3.32
- 软件大小： 2503k
- 版本时间： 2000.6.30
- 软件功能：一个用于向三大序列库GenBank,EMBL,DDBJ递交序列的辅助程序。可以直接在网上填写递交序列，也可以在本地填写，生成相应格式的文件，然后用email发过去。在本地生成文件时，采用向导方式。当然要是连在网上的话，也可以从网上下载数据文件。
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- Spectrum
- 软件名称： Spectrum
- 版主评级： ★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.0
- 软件大小： 730k
- 版本时间：
- 软件功能： 一个对排列好的多序列进行分析，按几种方式来计算各物种之间的距离，并能够以列表树型等方式显示。以下是该软件的手册。输入文件是NEXUS和PHYLIP格式文件。
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- Vector NTI Suite
- 软件名称： Vector NTI Suite
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 5.5
- 软件大小： 7826k+44k
- 版本时间： 99.9.17
- 软件功能： 综合性蛋白核酸分析工具包。感谢ldream的努力，提供了crack文件。
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- Vector NTI Suite
- 软件名称： Vector NTI Suite
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 5.5
- 软件大小： 8,363,374 byte+35k
- 版本时间： 2000.1.21
- 软件功能： 综合性蛋白核酸分析工具包。感谢Breakice的努力，提供了Patch文件。
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- Vector NTI Suite
- 软件名称： Vector NTI Suite
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 6.0
- 软件大小： 13,721 kbyte+31k
- 版本时间： 2000.6.21
- 软件功能： 综合性蛋白核酸分析工具包。感谢Breakice的努力，提供了辅助文件。
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- Vector NTI Viewer
- 软件名称： Vector NTI Viewer
- 版主评级： ★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 4.0.1
- 软件大小： 537k
- 版本时间：
- 软件功能： Vector NTI Viewer 4.0.1虽然只是一个载体查看软件，但其功能易用方便，值得推荐。 1.输入文件格式广泛，除了molecule documents(.gb)是该公司本身文件格式外，还能识别各种数据库应用格式软件：EMBL,GenBank,FASTA,Sequence files. 2.全部或部分序列可以拷贝到剪贴板，提供给其他程序使用 3.载体图像可以拷贝到剪贴板上供给其他程序使用，或直接存盘成.wmf格式图像文件。 4.可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数），描述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。 5.整个界面由文本、图形和序列三部分构成，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便，这点很值得推荐。 6.载体可以圆形表示也可以线形表示。 7.进行核酸到蛋白的翻译。 8.图形可以放大缩小。
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- visual seqence editor
- 软件名称： visual seqence editor
- 版主评级： ★★★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 1.1
- 软件大小： 243k
- 版本时间：
- 软件功能： 1.可以同时显示编辑多达200个核酸蛋白序列 2.将所有程序打包成一个库文件 3.可以输入输出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接读取MACAW的文件，并能将各序列中的同源顺序标出 5.根据遗传密码（可以自定义）读出一种或六种阅读框 6.查看的字体大小，字母间隔等灵活可调 7.模糊查找特定序列个人认为将此软件当作基因库、蛋白库较好，可以在常见的格式中任意转换。本软件的缺点是存盘时不会自动给你加上特定的扩展名，整个文件的全名都必须手工输入。据说是30天共享。
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ftp方式：北京动物所
- WinPlas
- 软件名称： WinPlas
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 2.6 demo
- 软件大小： 1.3M
- 版本时间：
- 软件功能： 一种质粒绘图软件商业版的演示版，比较好用，不能存盘，不能拷贝，不能打印。可以使用屏幕拷贝程序联合使用。
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ftp方式：北京动物所
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