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生物化学分子生物学软件下载区-分子遗传
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发布时间：2007-02-20
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- DnaSP(DNA Sequence Polymorphism)
- 软件名称： DNA Sequence Polymorphism
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 3.14
- 软件大小： 4.5M
- 版本时间： 1999.5.20
- 软件功能： DnaSP(DNA Sequence Polymorphism，1999.5.20最新版)是一个对排列过的DNA多序列进行基因多态性分析的软件。DnaSP可以估量群体内和群体间的序列变异（包括非代码区，同义反义位点），以及连锁不平衡，基因转变等。DnaSP还可以进行以下检测： Hudson, Kreitman and Aguadé (1987), Tajima (1989), McDonald and Kreitman (1991), Fu and Li (1993) 分析的结果可以显示为表格或图形。 1.DnaSP使用标准Windows界面，可以输入输出查看打印和保存数据文件、结果和图形结果。它提供的帮助文件对所有的命令和等做了详细的描述。 2.DnaSP可自动读写四种格式的文件: MEGA (Kumar et al. 1994), NBRF/PIR (Sidman et al. 1988), NEXUS (Maddison et al. 1997) 和PHYLIP (Felsenstein 1993).输出的结果有文本、表格、网格和图形四种形式。结果可以打印出来或保存起来。 3.DnaSP也可以只分析位点或序列文件中的一部分,同义和位点位点分析可以使用四种遗传密码：通用密码、果蝇线粒体、哺乳动物和酵母。 4.显示多态位点信息：间隙数目、单态位点数目、多态位点数目等。 5.软件可以估算：i)两序列或多态核甘的每位点的差异数目 Pi (Nei 1987), 和变异率以及标准误(Nei 1987); ii) 使用Jukes和Cantor方法估算的变异(Jukes and Cantor 1969; Lynch and Crease 1990); iii) 成对缺失的核甘变异 iv) 核甘差异的平均数目(Tajima 1983,) 和随机取样变异(Tajima 1993); v) Theta = 4Nu, N是有效的群体大小，u是每个核甘每代的突变率。(Nei 1987; Tajima 1993) 以及自然突变和没有重组的突变。 (Tajima 1993); vi) 在有限位点模式下每个核甘的的theta值(Tajima 1996). 6.群体间的分歧:每个群体的核甘的多样性，群体间每个位点核甘取代的平均数目Dxy (Nei 1987), Da (Nei 1987）(Nei 1987). 7.计算每对碱基的Ka 和Ks (Nei和Gojobori 1986). 8....... 但DnaSP不能对序列排队、不能画出进化树、不能对序列进行任何修改。
- 本地下载：http方式：北京动物所 上海生命院
ftp方式：北京动物所
- K-Estimator
- 软件名称： K-Estimator
- 版主评级： ★★★
- 作 者：
- 操作系统： WIN
- 软件版本： 5.0
- 版本时间： 1999.6.28
- 软件大小： 3.5M
- 软件功能： 对排列过的DNA多序列进行基因分歧Ks和Ka分析的软件
- 本地下载：http方式：北京动物所 上海生命院
ftp方式：北京动物所
- Cyrillic
- 软件名称： Cyrillic
- 版主评级：
- 作 者：Cherwell Scientific Limited
- 操作系统：
- 软件版本： 2.1
- 版本时间：
- 软件大小： 2.5M
- 软件功能： 遗传族谱
- 本地下载：http方式：北京动物所 上海生命院
ftp方式：北京动物所
- Cyrillic
- 软件名称： Cyrillic
- 版主评级：
- 作 者：Cherwell Scientific Limited
- 操作系统： win95,win98,win NT 4
- 软件版本： 3.1
- 版本时间：
- 软件大小： 16M
- 软件功能： 遗传族谱
- 本地下载：http方式：北京动物所 上海生命院
ftp方式：北京动物所
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